Zentrales Bauwerk des Klosters ist die doppeltürmige Stiftskirche, die in den Jahren 1719 bis zur Weihe 1735 entstand und ebenfalls von Caspar Moosbrugger entworfen wurde. Sie gilt als die bedeutendste Barockkirche der Schweiz.
Bau
Der nach Osten ausgerichtete Bau beherbergt in seinem Innern die Gnadenkapelle mit der Schwarzen Madonna im westlichen Eingangsbereich. Die Deckengemälde wurden 1724–1726 von den Brüdern Asam geschaffen. Zwischen 1749 und 1751 nach Projekt von Giovanni Antonio Torricelli aus Lugano[10], errichtete der Altarbildhauer Domenico Pozzi aus Mailand den Hauptaltar. Die lebensgrossen Figuren aus Glanzstuck an den Seitenaltären stammen von Diego Carlone aus Scaria, heute Teil von Lanzo d’Intelvi (I) nahe der Schweizer Grenze. Die Ölgemälde Tod des Hl. Benedikt und Die Muttergottes erscheint dem Hl. Meinrad schuf dessen Bruder Carlo Carlone. Giacomo Neuroni, Stuckplastiker aus Lugano, arbeitete mit seinem Bruder Pietro im Chor der Stiftskirche. Die umfassende Restaurierung der Kirche zwischen 1975 und 2001 versuchte, den durch frühere Renovierungen teilweise verfälschten Eindruck des ursprünglichen barocken Zustands wiederherzustellen.